Los principales objetivos de la Academia son los siguientes:

1. La promoción del encuentro entre el mensaje salvífico del Evangelio y la cultura de nuestro tiempo, a través de la profundización en el conocimiento de los orígenes cristianos que han configurado la identidad y cultura andaluzas.
2. La promoción del trabajo de sus miembros en temas relacionados con el estudio y la investigación de la Historia de la Iglesia en Andalucía, sin excluir en su proyección España, América y el resto del mundo.
3. La divulgación y proyección de las corrientes historiográficas y líneas de investigación en el campo de la Historia de la Iglesia, principalmente en el ámbito de la Comunidad Autónoma de Andalucía.
4. El planteamiento, organización y desarrollo de programas de investigación, así como de otro tipo de actividades encaminadas a conseguir los objetivos señalados, como puede ser el apoyo para la publicación y divulgación de estudios o la organización de congresos, cursos y otros eventos científicos que incidan positivamente en el conocimiento de la Historia de la Iglesia en Andalucía. A tal efecto se podrán establecer acuerdos o convenios de colaboración que sean necesarios con otros centros académicos nacionales o extranjeros.
5. La realización de tareas de asesoramiento técnico en materia patrimonial (Arqueología, restauración, archivística, proyectos, difusión…) al servicio de las diferentes diócesis y sus necesidades; así como de particulares.
6. La publicación y difusión de textos clásicos y obras de referencia sobre la historia de la Iglesia en Andalucía.